Rozważając szanse i możliwości, jakie niesie ze sobą program Natura 2000, należy pamiętać, iż przede wszystkim jest to program ochrony przyrody. Celem programu i jednocześnie obowiązkiem wobec społeczeństwa jest zachowanie różnorodności biologicznej dla przyszłych pokoleń. Ta ambitna wizja zapewne wielokrotnie będzie stawała w konflikcie z dążeniami człowieka do rozwoju cywilizacyjnego. Dlatego na program Natura 2000 należy spojrzeć szerzej, uwzględniając w ogólnie pojętym rozwoju społeczeństwa fakt, iż człowiek jest częścią ekosystemów występujących na naszej planecie. Biorąc to pod uwagę rozwój społeczny będzie mógł postępować w sposób zrównoważony, czyli taki który uwzględnia zarówno potrzeby rozwoju cywilizacyjnego, jak i możliwości utrzymania środowiska naturalnego w stanie równowagi. Program Natura 2000 jest w Unii Europejskiej narzędziem, który ma sprawić, że ta wizja stanie się faktem.

Mimo wielu potencjalnych ograniczeń inwestycyjnych czy rozwojowych, program Natura 2000, w przeciwieństwie do wielu istniejących od lat w polskim prawodawstwie form ochrony przyrody, może nieść ze sobą nie tylko korzyści stricte przyrodnicze. Obszary Natura 2000 mogą stać się istotnym źródłem dochodu i obiektem rozwoju lokalnego. Dotyczy to głównie takich zagadnień, jak:

• rozwój turystyki – obszary Natura 2000 to elementy europejskiej sieci ekologicznej z naukowo potwierdzonym dobrym zachowaniem środowiska naturalnego, a co za tym idzie – miejsca znane w całej Europie, dobre do efektywnego biernego i czynnego wypoczynku, co może stanowić czynnik przyciągający turystów,

• dopłaty dla prywatnych właścicieli gruntów zlokalizowanych w granicach obszarów Natura 2000 - przysługują im wyższe o ok. 20% dopłaty w ramach programów rolno-środowiskowych (więcej na stronie Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi) oraz ekwiwalent pieniężny za utracone korzyści, jeśli działania ochronne w ramach obszaru Natura 2000 wymagają np. późniejszego niż zwykle koszenia łąk; o innych korzyściach dla rolnictwa można przeczytać w podręczniku Natura 2000 - Korzyści dla Rolnictwa,

• wynagrodzenie dla miejscowej ludności za wykonywanie działań ochronnych w obszarach Natura 2000, jak np. wykaszanie, wypas itp. (patrz Plany Zadań Ochronnych i plany ochrony),

• zwiększenie szans dla samorządów na zdobycie dofinansowania na realizację projektów i programów poprawiających stan infrastruktury (kanalizacja, drogi, ścieżki rowerowe, kotłownie na biomasę, programy edukacyjne i szkoleniowe, konkursy itp.); Na obszarach Natura 2000, przy realizacji sieci kanalizacyjnej na obszarze aglomeracji z doprowadzeniem do oczyszczalni ścieków, obniżony jest wskaźnik długości sieci kanalizacyjnej do poziomu 90 mieszkańców na 1km sieci, podczas gdy na terenach na których nie występuje żadna inna forma ochrony przyrody wartość ta wynosi 120 mieszkańców na 1km sieci.

Więcej informacji o korzyściach społeczno-ekonomicznych wynikających z gospodarowania na obszarach Natura 2000 znajduje się na stronie biuletynu Komisji Europejskiej.