Jednym z podstawowych instrumentów ochrony środowiska, w tym także ochrony przyrody, jest planowanie przestrzenne. W związku z tym, aby zapewnić lepszą ochronę obszarów Natura 2000, należy uwzględnić w dokumentach z zakresu planowania przestrzennego i związanych z nimi opracowaniach problematykę sieci Natura 2000 i jej ochronę.

Krajowy system planowania przestrzennego stanowią hierarchicznie uporządkowane opracowania planistyczne oraz towarzyszące im dokumentacje, które opracowywane są na szczeblu krajowym (koncepcja przestrzennego zagospodarowania kraju), wojewódzkim (m. in. plan zagospodarowania przestrzennego województwa), gminnym (studium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego gminy) oraz lokalnym (miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego). System ten regulowany jest przepisami ustawy z dnia 27 marca 2003 r. o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym, która określa zasady kształtowania polityki przestrzennej przez jednostki samorządowe i organy administracji rządowej, a także zakres i sposoby postępowania w sprawach przeznaczania terenów na określone cele oraz ustalania zasad ich zagospodarowania i zabudowy. Podstawą podejmowania tych działań ma być ład przestrzenny oraz zasada zrównoważonego rozwoju, m. in. gwarantująca utrzymanie równowagi przyrodniczej oraz trwałości podstawowych procesów przyrodniczych.

Dokumenty planistyczne określają politykę przestrzenną (plany strategiczne wyższego szczebla) lub wskazują konkretną lokalizację form zagospodarowania przestrzennego (plany operacyjne niższych szczebli). W procesie planowania zagospodarowania przestrzennego na wszystkich poziomach muszą być obowiązkowo uwzględnione uwarunkowania przyrodnicze. Wymóg ten powinien zostać spełniony poprzez realizację takich dokumentacji, jak opracowania ekofizjograficzne (na wszystkich poziomach, z wyjątkiem krajowego, na którym należy przeprowadzić analizy uwarunkowań środowiskowych) iprognozy oddziaływania na środowisko, jako element strategicznej oceny oddziaływania na środowisko, czyli postępowania w sprawie oceny oddziaływania na środowisko skutków realizacji polityki, strategii, planu lub programu (obowiązkowo na wszystkich poziomach), oraz uwzględnienie ich ustaleń w projekcie danego dokumentu planistycznego. Opracowanie ekofizjograficzne sporządzane jest przed sporządzeniem projektu planu przede wszystkim w celu określenia i oceny warunków przyrodniczych pod kątem stwarzanych przez nie możliwości dla zagospodarowania przestrzennego, a prognoza – dla gotowego projektu w celu wskazania, jaki będzie wpływ na środowisko planowanych polityk lub form zagospodarowania przestrzennego, a także sformułowania rozwiązań alternatywnych oraz łagodzących lub kompensujących negatywne skutki środowiskowe.

Dla ochrony obszarów Natura 2000 podstawową rolę odgrywa planowanie przestrzenne na szczeblu gminnym i lokalnym, ponieważ dopiero na tych poziomach możliwa jest względnie obiektywna ocena uwarunkowań związanych z oddziaływaniem planowanego zagospodarowania na środowisko przyrodnicze, w tym obszary Natura 2000. Zgodnie z ustawą z dnia 27 marca 2003 r. o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym, kompetentne organy mają obowiązek uwzględnienia wymogów ochrony środowiska w postaci m. in. przywrócenia siedlisk przyrodniczych i gatunków do właściwego stanu ochrony, a w stosownych przypadkach ich odtworzenia, co w kontekście wdrażania programu Natura 2000 należy interpretować jako podstawę wypracowania specjalnej, prośrodowiskowej polityki planistycznej.

Opracowanie ekofizjograficzne obejmuje charakterystykę poszczególnych elementów przyrodniczych obszaru objętego koncepcją, planem lub studium oraz powiązań występujących między nimi. Powinno uwzględniać (również w odniesieniu do obszarów Natura 2000):

• potrzebę dostosowania funkcji, struktury i intensywności zagospodarowania przestrzennego do warunków przyrodniczych,
• zapewnienie trwałości podstawowych procesów przyrodniczych w obszarze objętym planem,
• zapewnienie warunków odnawialności zasobów środowiska,
• sposoby eliminowania lub ograniczania zagrożeń i negatywnego oddziaływania na środowisko,
• ustalenie kierunków rekultywacji obszarów zdegradowanych.

 Opracowania ekofizjograficzne powinny objąć cztery następujące po sobie etapy: diagnozę, ocenę ekofizjograficzną, prognozę oraz wskazania ekofizjograficzne. Przeprowadzenie kolejno wymienionych etapów, jest ważne gdyż pozwala na uwzględnienie informacji zgromadzonych i analiz wykonanych w poprzednich etapach oraz umożliwia przejrzystą prezentację rezultatów prac. Jest to szczególnie ważne z uwagi na służebną funkcję opracowania ekofizjograficznego w stosunku do dokumentów planistycznych. Ustawa z dnia 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko, określając zakres przedmiotowy prognozy oddziaływania na środowisko, w kilku miejscach odnosi się bezpośrednio lub pośrednio do zagadnień ochrony obszarów Natura 2000. W myśl tej ustawy (art. 51), prognoza określa, analizuje i ocenia m. in.:

• cele ochrony obszaru Natura 2000,
• istniejące problemy ochrony środowiska dotyczące ochrony obszaru Natura 2000,
• przewidywane znaczące oddziaływania na cele i przedmiot ochrony obszaru Natura 2000 i integralność tych obszarów,

a także przedstawia m. in. rozwiązania mające na celu zapobieganie, ograniczanie lub kompensację przyrodniczą tych oddziaływań oraz rozwiązania alternatywne do rozwiązań zawartych w projektowanym dokumencie wraz z uzasadnieniem ich wyboru.

Powyższe elementy prognozy powinny wskazać, czy realizacja planowanego dokumentu może znacząco negatywnie oddziaływać na obszar Natura 2000. Jeśli w toku postępowania w sprawie oceny oddziaływania na środowisko prawdopodobieństwo takiego oddziaływania nie zostanie stwierdzone, dokument może zostać przyjęty.

Szczegółową metodykę sporządzania opracowań ekofizjograficznych oraz prognoz oddziaływania na środowisko dokumentów planistycznych w kontekście ochrony obszarów Natura 2000 przedstawia publikacja - Natura 2000 w planowaniu przestrzennym