Na mocy art. 32 Ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. z 2013 r. poz. 627, z późn. zm.) organami kluczowymi w zarządzaniu siecią Natura 2000 są Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska oraz regionalni dyrektorzy ochrony środowiska – organy Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska, odrębne dla każdego województwa. Istotną rolę odgrywają także dyrektorzy parków narodowych, dyrektorzy urzędów morskich oraz nadleśnictwa.

Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska nadzoruje funkcjonowanie obszarów Natura 2000, prowadząc ewidencję danych niezbędnych do podejmowania działań w zakresie ich ochrony. Nadzór ten polega na wydawaniu zaleceń i wytycznych w zakresie ochrony i funkcjonowania obszarów Natura 2000, określaniu zakresu i żądaniu informacji dotyczących ochrony i funkcjonowania obszarów Natura 2000, a także kontroli realizacji ustaleń planów zadań ochronnych i planów ochrony dla obszarów Natura 2000 (art. 32 Ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody).

Regionalni dyrektorzy ochrony środowiska koordynują funkcjonowanie obszarów Natura 2000 na obszarze swojego działania, a także są dla większości obszarów sprawującymi nadzór. Ponadto sprawującymi nadzór nad poszczególnymi obszarami są dyrektorzy parków narodowych (dotyczy to tych obszarów, które obejmują w całości lub w części teren parku narodowego / parków narodowych) oraz dyrektorzy urzędów morskich (w odniesieniu do tych obszarów Natura 2000 lub ich części, które znajdują się na obszarach morskich) (art. 27a i art. 32 Ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody).

Rozkład kompetencji i odpowiedzialności ma służyć podejmowaniu skutecznych działań oraz utrzymaniu właściwego stanu siedlisk i przywracania odpowiedniego stanu gatunków na obszarach Natura 2000.

Zarządzanie obszarami „siedliskowymi” i „ptasimi” przez jednostkę sprawującą nadzór nad obszarem Natura 2000 w Polsce odbywa się przede wszystkim za pomocą takich narzędzi, jak wspomnianeplany zadań ochronnych i plany ochrony.

Plan zadań ochronnych, zgodnie z Ustawą z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody, sprawujący nadzór nad obszarem Natura 2000 sporządza na okres 10 lat. Pierwszy projekt powinien powstać w ciągu 6 lat od dnia zatwierdzenia obszaru przez Komisję Europejską jako „obszaru mającego znaczenie dla Wspólnoty” lub od dnia wyznaczenia obszaru specjalnej ochrony ptaków. Zatwierdzany jest w drodze aktu prawa miejscowego w formie zarządzenia Dyrektora Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska. Sporządzenie planu zadań ochronnych nie jest obowiązkowe, bowiem dla obszarów, które już mają plan ochrony uwzględniający zakres wymagany dla obszaru Natura 2000, planu zadań ochronnych nie wykonuje się. Dotyczy to rezerwatów, parków narodowych i parków krajobrazowych posiadających plany spełniające wskazane wymogi i oczywiście obszarów Natura 2000, które mają już ustanowione plany ochrony.

Opracowanie projektu planu zadań ochronnych obejmuje zidentyfikowanie zagrożeń dla obszaru Natura 2000 i wskazanie działań, które powinny zostać pilnie wykonane w najbliższym okresie ze wskazaniem podmiotów odpowiedzialnych za ich wykonanie i obszarów ich wdrażania. Nie jest wymagane przeprowadzenie pełnej inwentaryzacji terenowej. Zapisy planu formułowane są głównie na podstawie dostępnych danych archiwalnych, a badania ograniczone do niezbędnego uzupełnienia inwentaryzacji.

Plan zadań ochronnych zawiera m.in.: opis granic i mapę obszaru Natura 2000, identyfikację zagrożeń dla siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt i ich siedlisk, cele i określenie działań ochronnych oraz monitoringu. Istotną częścią tego dokumentu są wskazania do zmian w istniejących studiach uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego gmin oraz planach zagospodarowania przestrzennego wszystkich szczebli. Ustalenia te dotyczą eliminacji lub ograniczenia zagrożeń dla przedmiotów ochrony w obszarze Natura 2000. Ponadto w dokumencie tym należy określić, o ile jest taka potrzeba, zakres dalszych badań i wskazanie terminu sporządzenia planu ochrony dla części lub całości obszaru. Szczegółowy tryb i zakres opracowania projektu planu zadań ochronnych określa Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 17 lutego 2010 r. w sprawie sporządzania projektu planu zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 (Dz. U. Nr 34, poz. 186, z późn. zm.).

Plan ochrony dla obszaru Natura 2000 lub jego części, zgodnie z Ustawą z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody, ustanawia w drodze rozporządzenia, na okres 20 lat, Minister Środowiska. Projekt takiego planu sporządza jednostka sprawująca nadzór nad obszarem.

Plan ochrony ma za zadanie zdiagnozowanie wszystkich zagrożeń dla przedmiotów ochrony w obszarze Natura 2000 oraz ustalenie działań ochronnych na okres 20 lat. Powinien być praktycznym narzędziem dla zarządzającego obszarem chronionym, pomagającym odpowiednio wykorzystywać zasoby (pracowników, czas, finanse), ustalać priorytety i planować bieżącą pracę oraz narzucać ciągłość i konsekwencję działań związanych z ochroną obszaru. Sporządzenie planu ochrony poprzedzone zostaje wykonaniem pełnej inwentaryzacji przyrodniczej.

Plan ochrony musi zawierać m. in.: określenie warunków zachowania integralności oraz spójności sieci obszarów Natura 2000. Ważnym aspektem planu jest odniesienie się do różnych form działalności, np. rozwoju infrastruktury czy działalności gospodarczej, oraz zapisanie wskazań do zmian w istniejących studiach uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego gmin oraz planach zagospodarowania przestrzennego wszystkich szczebli.

W części praktycznej plan ochrony określa działania ochronne ze wskazaniem podmiotów odpowiedzialnych za ich realizację. W zakres tych działań, oprócz klasycznej ochrony czynnej, mogą wchodzić m. in. utrzymanie korytarzy ekologicznych łączących obszary Natura 2000, kierunki kształtowania przestrzeni produkcyjnej, rolnej, leśnej czy rybackiej. W zależności od potrzeb w dokumencie tym mogą znaleźć się też wskazania dotyczące lokalizacji zabudowy oraz infrastruktury technicznej, komunikacyjnej i turystycznej. Istotne jest tutaj także określenie wskaźników właściwego stanu ochrony siedlisk i gatunków, będących przedmiotami ochrony, ponieważ do tych wskaźników będzie odnoszony monitoring oraz realizacja ochrony.

Szczegółowy tryb i zakres opracowania projektu planu ochrony określa Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 30 marca 2010 r. w sprawie sporządzania projektu planu ochrony dla obszaru Natura 2000 (Dz. U. Nr 64, poz. 401, z późn. zm.).

Zatwierdzanie powyższych planów musi być poprzedzone procedurą udziału społeczeństwa w procesie podejmowania decyzji na zasadach i w trybie określonym w Ustawie z dnia 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz ocenach oddziaływania na środowisko (Dz. U. z 2013 r. poz. 1235, z późn. zm.). Przyjęte tu środki ochronne powinny odpowiadać ekologicznym wymaganiom siedlisk przyrodniczych i gatunków, spełniać kryterium efektywności oraz uwzględniać wymogi gospodarcze, społeczne i kulturowe, a także uwarunkowania regionalne i lokalne.

Narzędziami wspomagającymi ochronę obszarów Natura 2000 są przepisy Dyrektywy 2004/35/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 21 kwietnia 2004 r. w sprawie odpowiedzialności za środowisko w odniesieniu do zapobiegania i zaradzania szkodom wyrządzonym środowisku naturalnemu transponowane do krajowej Ustawy z dnia 13 kwietnia 2007 r. o zapobieganiu szkodom w środowisku i ich naprawie (Dz. U. z 2014 r. poz 210, z późn. zm.). Wynika z nich bowiem, że odpowiedzialność za wyrządzenie szkody w środowisku lub spowodowanie bezpośredniego zagrożenia szkodą odpowiada podmiot korzystający ze środowiska. Szkody w środowisku mogą być spowodowane zarówno w wyniku realizacji inwestycji prywatnych, publicznych, jak i działalności rolniczej. Szczegółowe kryteria ich oceny w stosunku do chronionego gatunku i siedliska zdefiniowane zostały w Rozporządzeniu Ministra Środowiska z dnia 30 kwietnia 2008 r. w sprawie kryteriów oceny wystąpienia szkody w środowisku. Na podmiocie korzystającym ze środowiska ciąży bezpośrednio obowiązek podjęcia działań zapobiegających wystąpieniu szkody lub działań naprawczych po jej wystąpieniu, wraz ze wszystkimi konsekwencjami finansowymi.

Ważną częścią procesu zarządzania obszarami Natura 2000 jest komunikacja społeczna. Procedura udziału społeczeństwa w procesie podejmowania decyzji, zagwarantowana przez Ustawę z dnia 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko, dotyczy zarówno zatwierdzania planów zarządzania obszarami Natura 2000, jak i ocen oddziaływania na nie. Podmiot przeprowadzający postępowanie OOŚ ma obowiązek, w myśl powyższej ustawy, udostępnić społeczeństwu dokumentację, wyznaczyć 21-dniowy okres na zgłaszanie uwag i opinii, przyjmować wszelkie zgłaszane uwagi i wnioski, rozpatrzyć je i odnieść się do nich w przyjętej decyzji oraz podać fakt podjęcia decyzji do publicznej wiadomości. Uspołecznienie procesu decyzyjnego z przestrzeganiem podstawowych zasad dobrych konsultacji przynosi bezsporne korzyści – dostarcza cennych informacji o środowisku i wpływa na poprawę jakości decyzji dotyczących przedsięwzięć mogących oddziaływać na obszary Natura 2000.